明尼苏达大学包括明尼阿波利斯和圣保罗两个校园，校园风景秀丽，建筑风格各异，是美国大学中传统的十大美丽校园之一，也是美国最安全的校园之一。
明尼阿波利斯校园占地360英亩（约1.46平方公里），密西西比河横贯其中，将校园分为东岸和西岸两个部分。东岸校区为明尼苏达大学明尼阿波利斯校园的主校园，占地307英亩，分为诺尔区（the Knoll area），商业区（the Mall area），卫生区（the Health area），运动区（the Athletic area），以及闸道区（the Gateway area）五个部分。
诺尔区是明尼苏达大学最古老的所在，大部分人文科学相关的学科均位于这里，包括教育与人类发展学院（College of Education and Human Development）。商业区大抵是东区的中心，沃尔特图书馆（Walter Library）、文学院（College of Liberal Arts）、科学与工程学院（College of Science and Engineering）均位于这里；卫生区主要是医学与生物学的所在地，药学院（College of Pharmacy）、护理学院（School of Nursing）、牙医学院（School of Dentistry）、 医学院（Medical School）、公共卫生学院（School of Public Health）以及锦绣医院（Fairview Hospitals and Clinics）等均位于这里；运动区主要是一些运动场地获中心的所在地；闸道区则主要是一些教学楼的所在地。
明尼阿波利斯校园的西岸校区占地53英亩，主要是卡尔森管理学院（Carlson School of Management）、表演艺术中心（PerformingArts Center）、法学院（Law School）和休伯特·H·汉弗莱公共事务所（Hubert H. Humphrey Institute of Public Affairs）的所在地，全明尼苏达大学最大的图书馆威尔森馆（Wilson Library）也是位于这里。
圣保罗校园距离阿波利斯校园大约5英里（约8公里），位于圣保罗市的猎鹰高地，占地2000多英亩，是众多学院的所在地。包括：食品、农业及自然资源学院（College of Food, Agricultural and Natural Resource Sciences）、继续教育学院（College of Continuing Education）、兽医学院（College of Veterinary Medicine）、生物科学学院（College of Biological Sciences）。
圣保罗校园满是草地、鲜花、树荫以及农场，相比明尼阿波利斯校园，其广大、安静与美丽有过之而无不及。该校园有一项最有名的学生自制牛奶售点，其牛奶由学生、学校老师亲手制成，与此类似的还有肉制品。圣保罗校园紧邻明尼苏达州博览会场（Minnesota State Fairgrounds），该博览会是美国最大的博览会之一，每次为期12天，大致分布在五一劳动节和9月上旬之间。
圣保罗校园与明尼阿波利斯校园间有5分钟一趟的免费校车，方便学生往来两个校园之间。